La structure du CIDST se présente comme suit :
- Le Conseil d’Administration
- Le Conseil Scientifique d’Orientation
- La Direction
- Les Services et Départements Techniques
- Quatre Antennes régionales (situées à Fianarantsoa, Toamasina, Mahajanga, Toliary).
- Une Cellule Technologie de l’Information et de Communication
Et depuis Mai 2012, le CIDST héberge et gère le CATI (Centre d’Appui à la Technologie de l’Innovation)
